Als de school of de ouders het niet eens zijn met het besluit van het Samenwerkingsverband, kunnen zij hiertegen binnen zes weken na afgifte van het besluit bezwaar maken. Dit kan door per mail of per post een bezwaarschrift bij het Samenwerkingsverband in te dienen. Het Samenwerkingsverband stuurt dit bezwaarschrift (samen met een door het Samenwerkingsverband opgesteld verweerschrift) door naar de Landelijke Bezwaaradviescommissie Toelaatbaarheidsverklaring SO en SBO. Dit is een onafhankelijke, landelijk werkende organisatie die onderdeel is van Onderwijsgeschillen. Het Samenwerkingsverband Amsterdam Diemen is hierbij aangesloten.

De Landelijke Bezwaaradviescommissie zal het bezwaarschrift in behandeling nemen en een advies uitbrengen. Meestal is dit na een zitting waarin alle partijen hun visie hebben kunnen geven. Op basis van dit advies moet de directeur van het Samenwerkingsverband opnieuw een besluit nemen.